موزه آستانه مقدسه از بین 125 موزه موجود در کشور، یکى از قدیمىترین آنها محسوب مىشود که در آبان ماه سال 1314 شمسى در محوطه داخلى حرم مطهر و محل فعلى مسجد شهید مطهرى تأسیس گردید. فعالیت این موزه تا حدود دى ماه سال 1353 ادامه یافت و از آن تاریخ تا سال 1361 به دلایل متعدد (از جمله لزوم گسترش فضاى جانبى موزه و احداث ساختمان فعلى) فعالیت موزه متوقف شد. ساختمان کنونى موزه که در میدان آستانه واقع است، بعد از پیروزى انقلاب اسلامى در فروردین ماه سال 1361 احداث شد.
بخشهای متنوعی در این موزه وجود دارد که از جمله آنها میتوان به بخش قرآنهای خطی از قرن دوم تا دوره معاصر، آثار چوبی خاتمکاری، آثار چوبی منبتکاری، ظروف سفالینه متعلق به هزاره اول و دوم قبل از میلاد مسیح و ادوار اسلامی، ظروف چینی و شیشهای، کاشیهای زرین فام و کتیبههای زیبا مربوط به قرون ششم تا هشتم هجری قمری اشاره کرد.
همچنین آثار حجاری و سنگهای تزئینی، لوازم فلزی با تزئینات قلمزنی، قالیچههای دستباف ابریشمی دوره صفوی و قاجار، پارچههای دستباف، مسکوکات ادوار اسلامی و پیش از اسلام، تابلوهای نقاشی و شمایل مینیاتوری نیز از بخشهای دیگر این موزه است.