مسجد خانم از جمله بناهای مذهبی و تاریخی شهر زنجان است، که در محله قدیمی معروف به فخیم الدوله واقع در بافت تاریخی شهر قرار دارد. این بنا توسط استاد اسماعیل بنا و به سفارش یکی از بانوان متمکن در اواخر دوره قاجار ساخته شده است.
وجود مناره های قطور و کوتاه بر فراز سردر زیبا که دارای تزئینات بدیع آجر کاشی است و قابل مقایسه با منارههای مدرسه سپهسالاران تهران است. تمامی شیوههای به کار رفته در معماری مسجد خانم منحصراً از خصوصیات معماری دوره قاجار است. برای مثال تزئینات پرکار بخش اعظم درگاه ورودی همچنین سطوح فوقانی حجرههای مشرف به میانسرا که با یک عقب نشینی نماهایی با قوس جناغی، هلالی بوجود آورده، مزین است به نقوش هندسی، گل و بوته که عموماً با رنگهای رایج در دوره قاجار یعنی رنگهای زرد، نارنجی، سیاه و سفید و صورتی رنگ آمیزی شده است.
تاریخ ساخت این بنا به استناد کتیبه سردر در این بنای مذهبی به سال 1322 هجری قمری باز می گردد، که به درخواست جمیله خانم دختر حسین قلی خان ذوالفقاری نظام الدوله خواهر ذوالفقار خان اسعد الدوله ساخته شده است.
میانسرای مسجد خانم هشت ضلعی می باشد که در ضلعهای شرقی، غربی و شمالی آن 12 حجره برای سکونت طلاب علوم دینی ساخته شده است.