کلیسای وانک که به نامهای سن سور و آمنا پرکیچ نیز نامیده میشود، بزرگترین کلیسای جلفا است. این کلیسای باشکوه در سال ۱۰۱۵ هجری قمری برابر ۱۶۰۵ میلادی در اراضی باغ زرشک احداث شد و دارای گنبدی عظیم، دیوارهای رفیع و طاق های بلند و زیباست. در حال حاضر خلیفه ارامنه ایران و هندوستان در این کلیسا اقامت دارد.
نمازخانه اصلی کلیسا به شکل متوازیالاضلاع طراحی شده و شامل دو قسمت چهارگوش است؛ قسمت اول شبستان بنا و قسمت دوم که زیر گنبد خانه قرار دارد، محل اجرای مراسم و سرودهای مذهبی است. دیوارهای نمازخانه را کاشیهای خشتی چند رنگ فرا گرفته است. در قسمتهای بالای دیواره تصاویر بسیار زیبائی نقاشی شدهاند که از کتب مقدس الهام گرفته شده و تمامی سطح فضای گنبد را تزئین کرده است.
دور تا دور گنبد داستان خلقت آدم و حوا است که به وسیله نقاشان ارمنی ترسیم شدهاند. بر محراب بسیار زیبای کلیسا نیز تصاویری از جمله تصویر حضرت مسیح (ع) نقاشی شده است.
در گوشه حیات کلیسا برج ناقوس زیبا و بزرگی ساخته شده که بر چهار ستون سنگی استوار است. در گوشه دیگری از این حیاط و روبروی برج ناقوس ستون بلندی از سنگ یادبود 1/5 میلیون نفر ارمنی که در سال ۱۹۱۵ میلادی قتل عام شدهاند، ساخته شده است. در صحن حیاط کلیسا چند نفر از ارامنه مشهور از جمله چند اسقف اعظم و نمایندگان سیاسی کشورهای اروپایی که در اصفهان در گذشتهاند به خاک سپرده شدهاند.
کلیسای وانک دارای تأسیسات مختلفی مانند موزه و کتابخانه است. موزه کلیسا در سال ۱۳۲۲ هجری قمری برابر با ۱۹۰۵ میلادی ساخته شد. اشیائی که در سالنهای آن به معرض تماشای بازدیدکنندگان گذاشته شدهاند شامل تابلوهای نقاشی کار نقاشان اروپائی است که به کلیسا اهداء کردهاند. تعدادی کتب خطی نفیس نیز در این موزه نگهداری میشوند.