در حال حاضر اطلاعی از تاریخ دقیق این شهر مرموز در دست نمی‌باشد اما طبق بررسی‌های اولیه احتمال می‌رود قدمت این مکان به قبل از سلسله اشکانیان باز گردد. احتمالا وسعت این شهر در زمان مهرداد یکم در حدود (از ۱۶۰ تا ۱۳۰ پیش از میلاد) به بیشترین حد خود رسیده باشد و برای انجام مراسم مذهبی درست شده باشد. وسعت این شهر بیش از ۳ هکتار برآورده شده است که در حال حاضر حدود ۲۵ اتاق این شهر کشف شده است.به علت رطوبت زیاد بخش عظیمی از این مکان هنوز در دل سنگ ها پنهان باقی مانده است. بخش های کشف نشده عموما در عمق ۶ متری و بعضا بیشتر قرار دارند که کار را برای باستان شناسان سخت میکند.این مکان به مرور در دوره های تاریخی وسعت گرفته و اتاق ها و راهرو های این شهر قدمت ها متفاوتی دارند. به نظر می‌رسد آنچه در حال حاضر از این مکان کشف شده تنها بخش کوچکی از این شهر باشد. به احتمال زیاد این فضا نخستین بار به منظور انجام مراسم مذهبی خاصی، احتمالاً میترائیسم، بر پایه پرستش «میترا» ایزد ایران باستان و خدای خورشید، مورد استفاده بوده شواهد و مدارک موجود حاکی از آن است که مراسم مذهبی به صورت پنهانی در زیر زمین انجام می‌گرفته است و برخی از کانال های این فضا احتمالا برای تدفین قربانیان مذهبی و یا بزرگان ادیان مورد استفاده قرار میگرفته است.

گنبد آجری بزرگ مسجد که برروی این شبستان زده شده است ودر قسمت زیر حاشیه دارای کتیبه هایی از خشت کاشی زرد است که سوره جمعه وآیه (( انما یعمر مساجد الله وآیه من المتهدین و آیه الکرسی)) به خط ثلث برآن نوشته شده است. این بنا در تاریخ 26/3/1375 به شماره 1733 به ثبت فهرست اثار تاریخی رسیده است.

میر رضی به منصب وجاه التفاتی نداشت و پیوسته برتکمیل نفس همت می گماشت لذا پس از مدتی اقامت در اصفهان جهت تدریس وبحث و فحص و پرداختن به سیر و سلوک عارفانه به تویسرکان مراجعت نمود و تا پایان عمر در قریه آرتیمان طرح اقامت افکند. شهریار صفوی نیز به مقتضای رتبه و شان او منشور شیخ الاسلامی تویسرکان را به نامش صادر و زمام امور دینیه را بدو سپرده بود. از این شاعر وعارف بزرگ حدود 1200 بیت شعر به ما رسیده است از معروفترین آثارش ساقی نامه است که با این مطلع آغاز میشود:

الهــــــــی به مستان میخانه ات                    به عقل آفرینان دیوانـــه ات

به دردی کش لجه کـــــــــبریا                       که آمد به شانش فرود" انما"

به دری که عرشست او را صدف                     به ساقی کوثر به شاه  نجف

به نور دل صبح خیزان عشــــق                     زشادی،به اندوه گریزان عشق

به رندان سرمـــــست آگاه دل                      که هرگز نرفتند  جز  راه  دل

خدایا به جان خراباتــــــــیان                      از  این تهمت  هستیم وارهان

به میخانه وخدمتـــــــم راه ده                    دل زنــــــده وجان آگاه ده

میر رضی در سال 1037 هجری قمری (1005ش)دیده از جهان فرو بست او را در محل خانقاهش بخاک سپردند. این محل پس ازمرگش همانگونه که در زمان حیاتش حلقه یاران اهل دل بود، زیارتگاه عارفان پاک اندیش و درویشان پاکیزه کیش شده ولی گذشت زمان و قهر طبیعت بتدریج آرامگاه سابق میررضی را بدل به مخروبه ای نمود تا اینکه در سال 1354 از طرف انجمن آثار ملی بنایی درخور شان آن شاعر و عارف نامی ساخته شد. این آرامگاه در محدوده شمال شرقی شهر تویسرکان ومشرف به دره سرسبز و باصفای تویسرکان و سرابی واقع شده و متشکل از بنائی آجری و چهاروجهی است به ابعاد ده در ده وارتفاع 6 متر. نمای بنا در هر ضلع دارای سه دهنه طاق زیبا و رفیع است که تشکیل چهار ایوان را در اطراف می‌دهد و در هر یک از این ایوان‌ها یک ورودی به داخل بنا تعبیه شده است. بخش داخلی آرامگاه نیز دارای تزئینت ساده وآجری است که مزار میر رضی با لوحی فلزی حاوی شرح حالش در وسط آن قراردارد. سقف آرامگاه با شیوه ای بدیع ساخته شده بدین نحو که چهار ردیف دیواره آجری در قالب کادری مربع ومیان تهی بصورت متقاطع برروی هم قرار گرفته و مساحت هر یک از مربعها از پایین به بالا نصف میشود. کار ساختمان این آرامگاه در سال 1356 ش به پایان رسید.

قسمتهای مختلف بنا شامل: مدخل ورودی، دهلیز، مقبره، ایوان و شاه نشین است. یک جلد کتاب آسمانی " تورات" که قدمت بالایی دارد و بر پوست آهو نوشته شده‌است، در حفاظ استوانه‌ای شکلی، در سازمان میراث فرهنگی استان نگهداری می‌شود.

در وسط فضای مربع شکل مقبره‌ها، دو صندوق منب کاری شده زیبا بر روی این قبور قرار دارد. در بالای قبر جنوبی، که آن را به استر نسبت می‌دهند، صندوق منب کاری عتیقه و نفیسی قرار دارد، که قدیمی تر است و صندوق دوم که بر روی قبر مردخای قرار دارد، بسیار شبیه صندوق اولی است و حدوداً در سال ۱۳۰۰ توسط استاد عنایت الله ابن حضرت قلی تویسرکانی، که یکی از منبت کاران برجسته زمان خود بوده، ساخته شده‌است.

ترجمه خطوط عبری روی صندوق متعلق به استر، که بانی صندوق را معرفی می‌کند، چنین است: " امر کرد به ساختن این صندوق، بانوی عفیفه صادقه، جمال الدوله یوحرقیا و جمال الدوله یشوعا و یشعل، که هر سه نفر برادر خانم جمال ستام هستند."

بر بالای دیوار مقبره نیز، کتیبه‌ای به زبان عبری و به صورت برجسته گچ بری شده‌است. خطوط عبری روی صندوق استر، و گچ بری‌های برجسته، متعلق به قرون هشتم و نهم هجری می‌باشند. در مورد هویت مدفونین این بقعه، تا کنون نظرات متفاوتی داده شده‌است، اما روایت مشهورتر، که با روایت مورخین یونانی و روایت تورات در مورد سرگذشت استر و مردخای تطبیق دارد، به شرح زیر است.

خشایارشا با دختری از یهود به نام استر، که خواهر زاده یکی از درباریان یعنی مردخای بود، ازدواج کرد. به این ترتیب به یهودیان در دربار وی نفوذ زیادی پیدا کردند. در این بین، شخصی به نام هامان که او نیز از درباریان با نفوذ و پرقدرت بود، نسبت به نفوذ روز افزون یهودیان حسادت نمود و از این رو فرمان قتل یهودیان را از خشایارشا گرفت.

اما مردخای به وسیله استر همسر خشایارشا، این فرمان را از شاه پس گرفت و آنان را نجات داد. از آن پس، یهودیان در اواخر اسفند و اوایل فروردین هر سال ( مصادف با ۱۳ – ۱۵ آدار، در گاهشمار کلیمیان) در سالروز نجات کلیمیان از قتل‌عام، با دعا و گرفتن روزه و خواندن طومار مگیلا، یا آن را گرامی می‌دارند و به عنوان "جشن پوریم" بر‌گزار می‌گنند. این اثر تاریخی از یک طرف، برای قوم یهود زیارتی و قابل احترام است، و از طرف دیگر، به عنوان یک اثر تاریخی، واجد ارزش است.

در خصوص نام استر باید گفت که نام اصلی او "هدسه" بوده، اما چون به طرز شگفت آوری زیبا و خوش سیما بوده‌است، نام استر یعنی ستاره را بر وی نهاده‌اند. وی دختر فردی به نام "ابی حایل" بوده‌است، که در حدود ۵۰۰ سال قبل از میلاد مسیح در سرزمین پارس به دنیا آمده و بعد از فوت پدر و مادرش، داییش (مرخای) سرپرستی او را بر عهده گرفته‌است.

مردخای، از خانواده شاول و از رجال دربار اخشویرش (خشایارشا) و مربی هدسه، دختر عموی خود بوده، که به منصب وزارت نیز رسیده‌است. وی پسر پائیز، از نواده‌های یعقوب پیامبر و از نژاد بنیامین بوده‌است.

مقبره استر و مردخای در مرکز شهر همدان، ابتدای خیابان دکتر شریعتی قرار دارد.

بوستان سیفیه دارای دو استخر، یک مسجد و یک ساختمان که محل سکونت سیف‌الدوله بوده‌است. آب مورد نیاز آن از طریق احداث قناتی در ۸ کیلومتری زرک توسط مقنیان یزدی از کوه‌های اطراف به محوطه پارک انتقال یافت. مجموعه پارک و مقبره سیف الدوله تحت عنوان باغ ایرانی در فهرست آثار تاریخی و ملی ایران به ثبت رسیده است.

ساعات کار : از ۸ صبح تا ۲۰ بعدازظهر.

بنیان موزه تاریخ طبیعی در همدان سال ۱۳۵۱به همت انسانی علاقه‌مند و سخت کوش و چند تن از دبیران دبیرستان و اساتید دانشگاه در سالن کوچک و محدود در گوشه‌ای از دبیرستان موسوم به پهلوی آن زمان گذاشته شده‌است. این موزه هم‌اینک در چند تالار مجهز و آراسته به وسعت ۲۰۰۰ مترمربع به چند فضای مناسب برای مطالعه، سالن سخنرانی و کتابخانه تخصصی در دانشکده کشاورزی دانشگاه بوعلی‌سینا مجهز است. از موزه تاریخ طبیعی همدان روزانه حدود ۳۰۰نفر از دوست داران مظاهر طبیعت وحشی، اهل تحقیق و پژوهشگران از سراسر ایران دیدن می‌کنند.

این موزه به همت استاد جعفر محمد علیزاده احداث شده‌است و تمام نمونه‌ها با همت ایشان و دانشجویان علاقه‌مند جمع‌آوری شده‌است.

زمین شناسان قدمت سنگهای این غار را به دوره ژوراسیک از دوران دوم زمین‌شناسی (۱۹۰-۱۳۶ میلیون سال قبل) نسبت می‌دهند.

مردم روستای علی صدر و روستاهای اطراف، از قدیم‌الایام به وجود این غار پی برده بودند و از آب آن بهره‌برداری می‌کردند. علاوه بر این، در صد سال گذشته، اهالی ده با هدایت مازاد آب نهر سراب به غار علیصدر، از آن به عنوان مخزن و سدی برای استفاده در فصل گرما بهره می‌برده‌اند و همین موضوع باعث شده بود تا سطح آب در قسمت شرقی غار تا ارتفاع 2.20 متر یعنی تا نزدیکی دهانه ورودی غار بالا بیاید و امکان دسترسی به غار را تا سالها غیر ممکن کند؛ تا اینکه با وقوع زلزله مخرب فارسینج در ۲۲ آذرماه ۱۳۳۶، و ایجاد شکاف در کف غار سراب، آب نهر سراب به یکباره قطع شد و طی ۶ سال یعنی حدود سال ۱۳۴۲ سطح آب غار علیصدر به ارتفاع طبیعی خود رسید و ورود به غار میسر گشت و به تدریج پای کوهنوردان به درون غار باز شد.

اولین کاوش حرفه‌ای و برنامه‌ریزی شده به غار علیصدر در ۵ مهرماه ۱۳۴۲ شمسی توسط گروهی ۱۴ نفره از اعضای هیئت کوهنوردی همدان انجام شد که توانستند با کسب اطلاعات قبلی و همراه بردن تجهیزات لازم برای حرکت روی آب، با عبور از دریاچه، از شعبات و تالارهای مختلف آن بازدید کنند و زیبایی و عظمت داخل آنرا ببینند و اولین اطلاعات را از وسعت و ژرفای دریاچه و طول و عرض و عمق وارتفاع غار بدست آورند.

علی رغم انتشار خبر این بازدید و بازدیدهای متعاقب، تا سال ۱۳۵۲ دهانه غار تنگ و در حدود ۵۰ سانتیمتر بود و دسترسی به داخل غار تنها توسط کوهنوردان حرفه‌ای ممکن بود؛ تا اینکه عبدالله حاجیلو که از سال ۱۳۴۱ ریاست هیئت کوهنوردی همدان را بر عهده داشت و از جلب توجه مقامات برای توسعه غار مأیوس شده بود، شخصاً دست به کار شد و با مقبولیتی که در شهر و استان داشت با کمک مردم محلی و استفاده از بازوی هیئت کوهنوردی و انجمن شهرستان و استان، سرانجام دهانه غار در اردیبهشت ماه ۱۳۵۳ به عرض 5 متر و ارتفاع 3 متر باز شد. در سال بعد، با بتون ریزی قسمتی از کف غار، مسیر خشکی نیز برای راهپیمایی در غار ایجاد شد و سپس با تجهیز غار به چند قایق و نیز تأمین روشنایی داخل آن، در تاریخ ۴ خردادماه ۱۳۵۵، غار علیصدر به بهره برداری رسید و بلیطهای چاپ شده برای بازدید گردشگران تحویل اداره تربیت بدنی همدان گردید.

آنچه غار علی‌صدر را از سایر غارهای آبی جهان متمایز می‌کند، سهولت استفاده از کانالهای آبی درون آن است که به سبب وسعت آن به‌راحتی می‌توان در آن طی مسیر کرده و با قایق‌های معمولی از درون آنها گذشت. براساس همین گزارش شکستهای زیادی در رشته علی صدر وجود دارد. بین ۳-۲ شکست در هر متر. به‌علاوه تعدادی سوراخ قیفی شکل در فواصل ۲-۱ متری مشاهده می‌شود که هر دو مشخصه، نفوذ سریع آبهای سطحی را تسهیل می‌کند.

بنای ابتدایی این آرامگاه در زمان قاجاریه ساخته شد. در سال ۱۳۳۰ انجمن آثار ملی ایران به مناسبت هزارمین سالروز تولد ابوعلی سینا تصمیم به تجدید بنای آن گرفت. طرح ونقشه بنای فعلی توسط مهندس هوشنگ سیحون به سبک معماری قرنی که بوعلی سینا در آن می زیسته از روی قدیمی‌ترین بنای تاریخ دار اسلامی یعنی برج گنبد قابوس در شهر گنبد کاووس اقتباس شده است.

بنای آرامگاه تلفیقی از دو سبک معماری ایران باستان و ایران بعد از اسلام است. در طراحی این مجموعه از عناصری از هنرمعماری سنتی ایرانی استفاده شده است. عناصری مانند برج، الهام گرفته از برج گنبد قابوس، باغچه‌ها متاثر از باغهای ایرانی، آب نماها الهام گرفته از حوض خانه‌های سنتی و نمائی با روکار سنگهای حجیم و خشن خارا که با سنگ گرانیت کوهستان الوند آراسته شده و نمودار کاخهای باستانی ایرانیان است.

کار ساخت بنای جدید آرامگاه در سال ۱۳۳۳ هجری شمسی به پایان رسید. محل فعلی آرامگاه بوعلی منزل مسکونی ابو سعید دخوک، دوست صمیمی بوعلی سینا بوده است که او نیز در جوار بوعلی سینا مدفون می باشد. درحال حاضر تالار جنوبی آرامگاه به عنوان موزه محل نگهداری سکه، سفال، برنز و سایر اشیاء کشف شده مربوط به هزاره‌های قبل از میلاد و دوران اسلامی اختصاص یافته و در تالار شمالی کتابخانه ای مشتمل بر ۸۰۰۰ جلد کتاب خطی و چاپی نفیس ایرانی و خارجی و غرفه هایی مربوط به آثار بو علی سینا و شعرا و نویسندگان همدانی نگهداری می شود. در غرفه آثار بوعلی عکسی از جمجه بوعلی نیز در معرض دید گذاشته شده که گمان می رود به هنگام تخریب مقبره قدیمی تهیه شده است. مکمل این بنا بوستانی به شکل نیم دایره با فضای سبز است و نیز تندیس ابوعلی سینا در حالی که کتابی در دست دارد در ضلع شرقی میدان نصب شده است.

درباره علت نام گذاری این بنا به برج قربان معروف است که در جریان شورش افغان‌ها در اواخر دوره صفویه فردی به نام قربان این محل را سنگر گاه خود قرار داده و ضمن دفع شورشگران از اهالی محل دفاع کرده‌است از این رو مسجد وبقعه به نام او شهرت یافته‌است.

در سال ۱۳۱۲ و در حین انجام تعمیرات درزیر برج سردابی یافتند که کلیه قبور اشاره شده در آنجا قرار داشتند این برج در تاریخ ۲۸/۳/۱۳۵۴ و به شماره۱۰۷۸/۳ در فهرست آثار تاریخی و ملی ایران به ثبت رسیده‌است.

در سال ۳۱۹ ه. ق نیز که دیلمیان همدان را به تصرف خود در آوردند دروازه شهر را به کلی تخریب کردند. مردآویج دیلمی قصد داشت یکی از آنها را به ری منتقل نماید ولی چون موفق نشد پنجه‌های یکی از شیرهارا شکست و دیگری را به طور کامل تخریب نمود مجسمه آسیب دیده تا سال ۱۳۲۸ هجری شمسی بر روی زمین افتاده بود تا اینکه مهندس سیحون طراح و معمار آرامگاه بوعلی آن را در محل فعلی نصب کرد.

در تاریخ ساخت مجسمه شیر سنگی مورد اختلاف است ولی از نحوه حجاری مجسمه و نزدیکی آن به باروی اشکانیان و کشف تابوت دوره اشکانی از شان محل چنین بر می‌آید که به اشکانیان مربوط باشد، اما این اثر از یادگارهای هنری مادها می‌باشد. این اثر در تاریخ ۱۵/۱۰/۱۳۱۰ و به شماره ۹۳ در فهرست آثار ملی و تاریخی ایران به ثبت رسیده‌است.

در این مکان جهت آگاهی آیندگان دو دستور شاهی را نقر کرده اند. یکی سنگ نبشته داریوش کبیر(521-486 ق. م)در سمت چپ و دیگری کتیبه خشایارشا (486-465 ق. م) که در سمت راست آن و کمی پائینتر از کتیبه نخست قراردارد. کتیبه های مذکور به سه زبان پارسی باستان ،ایلامی و بابلی هرکدام در بیست سطر و از چپ به راست و به خط میخی کنده شده اند. بلندی حروف میخی بین 6  تا 7سانتیمتر است. متن کتیبه‌ها شبیه یکدیگر هستند. جز آنکه در یکی نام داریوش و در دیگری نام خشایارشا آمده است و هر دو متضمن ستایش اهورامزدا و معرفی اصل و نسب شاهان است. این کتیبه‌ها از دیر باز نامهای گوناگونی را بخود گرفته اند از جمله " نبشت خدایان " ، " دادمهان / دادبهان " ، "جنگ نامه " و  " گنجنامه " که دونام اخیر در سده های اخیر بیشتر مصطلح بوده است. در خصوص وجه تسمیه گنجنامه می توان گفت گنجنامه در زبان پارسی به معنای " حکایت و داستان گنج " است و عموم را تصور بر این بوده که راز یک گنج نهان در این کتیبه‌ها مکتوب است. این افسانه به لحاظی واقعیت یافت بدینسان که کتیبه های مذکور داستان ثروتهای نهفته را در قلمرو تاریخ باز گفتند و کلیدی به کاشف خود هنری راولینسن دادند که بوسیله آن توانست سنگ نبشته داریوش بزرگ را در بیستون بخواند، و به این طریق گنجهای نهفته بسیار از تاریخ گذشته را آشکار سازد.

سنگ نبشته های گنجنامه همدان ، درتاریخ 15/10/1310 به شماره 22 به ثبت فهرست آثار ملی ایران رسیده است.