ساختمان فاخر موزه باستانشناسی اردبیل نیز از جمله طرحهای مهم استان اردبیل در زمینه معماری است. این موزه ،که در دو طبقه و با مساحتی بالغ بر 1700 متر مربع در بیست و نهم آبان ماه سال 1387ش تکمیل و راه اندازی شد، یکی از موزههای باستانشناسی مجهز کشور به شمار میرود.
ساختمان موزه باستانشناسی بخشی از فضای پیرامون مجموعه تاریخی و فرهنگی شیخ صفی الدین اردبیلی را در برگرفته و آثار آن نمایانگر بخشی از فعالیتهای تمدنی انسان در استان اردبیل محسوب میشود. آثار و اشیاء این موزه مشتمل بر دوره های مختلف پیش از اسلام، تاریخی و اسلامی است.
در ویترین های به نمایش گذاشته شده طبقه اول و زیرزمین سفالینههای متنوع ساده و منقوش دورههای مختلف تاریخی و اسلامی؛ ظروف خاکستری رنگ، سفالهای منقوش سبک اردبیل متعلق به عصر هخامنشی و اشکانی و ریتون(تکوک) های مربوط به هزاره اول قبل از میلاد در معرض دید قرار دارد.
سفالهای دوره اسلامی که مشتمل بر سفال های اوایل اسلام، سدههای میانی و متاخر است، طیف گستردهای از سفالهای یکرنگ فیروزهای، منقوش چند رنگ، نقش کنده زیر لعاب، سفالهای آبی و سفید، سلادون(سنگینه) را شامل می شود. بیشتر این سفال ها از برجسته ترین سفالهای دوره اسلامی ایران و اردبیل به شمار میرود.
اشیاء شیشهای و فلزی از دیگر آثار ارزشمند به نمایش گذاشته شده در موزه باستانشناسی است که هنر و تکنیک شیشهگری و فلزکاری این سرزمین را معرفی مینمایند. قدمت این اشیاء به هزاره اول قبل از میلاد تا عصر ساسانی و دوره پرشکوه اسلامی میرسد.
در برخی از ویترینها سکههایی از دورههای مختلف تاریخی ایران و بیزانس از جنس طلا، نقره و ... نگهداری میشود که تاریخ آنها به عصر ساسانی و اوایل اسلام تا سده ی 12 هجری قمری میرسد. این سکهها از نظر تحقیقاتی و باستانشناسی مهم بوده و بخشی از هنر فلزکاری و مهارت ضرب سکه ایران را معرفی مینماید، ضمن اینکه از نظر خطوط خوشنویسی و مطالعه سیر تحول خطوط قابل توجه هستند.
در موزه باستانشناسی اردبیل علاوه بر نگاهداری اشیاء و اموال تاریخی- فرهنگی، طبقات و لایه های محوطه باستانی قلعه بوینی یوغون شهرستان نیر طراحی و بازسازی شده است که بازدید کنندگان در قسمت شرقی طبقه زیرین میتوانند از آن بازدید نمایند.