قدمت موزهٔ کلیسای وانک، البته نه در شکل و وسعت کنونی آن، به صد سال پیش؛ یعنی سالهای ۱۹۰۵ ـ۱۹۰۶ م/ ۱۳۲۳ـ ۱۳۲۴هـ. ق باز میگردد. در این تاریخ به کوشش و یاری طـاطـاووس هونـانیـان، فـرزنـد هـاروتـون هـونـانـیان، نـویـسنـدهٔ کـتـاب تـاریـخ جـلفـای اصـفـهـان، اتاقهایی در ضلع شمالی حیاط کلیسای وانک برای نگهداری و نمایش کتابها، نسخههای خطی و اشیای تاریخی ساخته شدند. این اتاقها تا۱۹۳۰ م به طور همزمان به منزلهی موزه و کتابخانه مورد استفاده قرار میگرفتند.
با گذشت چهل سال از زمان تأسیس موزه و با توجه به رشد و توسعهٔ روزافزون صنعت جهانگردی در کشور، خصوصاً در شهر اصفهان و اهمیت و لزوم حفظ میراث هنری و فرهنگ بومی ارمنیان جلفا، شورای خلیفهگری اصفهان در صدد برآمد تا موزهای مطابق با اصول و مبانی روز تأسیس کند. بنابراین در پی جلساتی که شوراهای خلیفهگری اصفهان و تهران در۱۹۶۸ م برگزار کردند تصمیم بر آن شد که با در نظر گرفتن موقعیت جغرافیایی و سیاسی جلفا موزهٔ جدید در اصفهان و در شمال محراب کلیسای وانک بنا شود.
ساخت بنای موزه در مه۱۹۷۱ م/۱۳۵۰هـ. ش به اتمام رسید و خلیفه گارِگین سارکسیان اطلاعیهای خطاب به کلیساها و اهالی جلفا صادر کرد مبنی بر اینکه در صورت تمایل اشیای قدیمی و با ارزشی را که در منازل و کلیساها نگه میدارند به موزهٔ کلیسای وانک اهدا کنند.
سرانجام در ۲۴ اکتبر۱۹۷۱ م، موزه با حضور استاندار اصفهان، پیشوایان مذهبی و نمایندگان شوراهای خلیفهگری اصفهان و تهران، نمایندهٔ مجلس اصفهان و جنوب ایران، روزنامهنگاران و نمایندههایی از شهرهای ارمنینشین ایران افتتاح شد. با توجه به تاریخ تأسیس موزهٔ کلیسای وانک این کلیسا از پیشگامان موزهداری در تاریخ ایران محسوب میشود.
موزهٔ دو طبقهٔ کلیسای وانک دارای دو تالار نمایش با چندین ویترین ثابت و سیار است. حدود ۸۵۰ شیءای که در موزهٔ کلیسای وانک به نمایش گذاشته شدهاند متعلق به سدههای شانزدهم تا بیستم میلادیاند.
از آنجایی که اکثر اشیای موزه اهدایی هستند در کنار توضیحات مربوط به هر شیء مشخصات و اطلاعاتی نیز در مورد اهداکننده یا اهداکنندگان دیده میشود که در موزه های معمولی کمتر به چنین موردی برمیخوریم.